Proteomika-Výuka

Předmět PROTEOMIKA je přednášen v rámci PřFUK vždy v zimním semestru. V letním semestru pak pro vážné zájemce pořádáme týdenní PRAKTIKA Z PROTEOMIKY.

 

doc. RNDr. Jiří Petrák, Ph.D.
Tel: 224 965 865
jpetr@lf1.cuni.cz

 

Proteomika-úvod do studia
  • Úvod do studia – Proteomika-historie a současnost [PDF]

Materiály k přednáškám Proteomika 2015-2016

  • Proteomika a základy práce s bílkovinami (12_10_2015) [PDF]
  • Separační metody a dvojrozměrná elektroforéza (19_10_2015) [PDF]
  • 2-DE,vizualizace, digesce proteinů, identifikace proteinů (26_10_2015) [PDF]  
  • MS-principy, instrumentace a metody (Dr. Petr Man) (2_11_2015) [PDF] 
  • MS-bílkoviny, identifikace a PTM (Dr. Petr Man) (16_11_2015) [PDF]
  • Shot-gun přístupy a kvantifikace (23_11_2015) [PDF] 
  • Membrány a proteinové komplexy (7_12_2015) [PDF]
  • Speciální metody a klinická proteomika (14_12_2015) [PDF]

 

 

 

Praktika z proteomiky 2012
Praktika z proteomiky 2013
  • 2-DE gel s vybranými spoty a tabulka identifikací [PDF]
  • MS data (masslist) [xls]
Praktika z proteomiky 2014 
  • 2-DE gely účastníků [ZIP archiv]
  • 2-DE gel s vybranými spoty + MS a MS/MS identifikace [PDF]
  • PMF Mass-listy k jednotlivým spotům [xls]
Praktika z proteomiky 2015-2016
  • 2-DE gel s vybranými spoty [PDF]


Doporučená literatura:

Draft lidského proteomu (Nature 2014) 691

  • Kustler et al. -  Kompilace proteomických dat_18000 proteinů [PDF]
  • Pandey et al. - Profilování 30 lidských tkání_18000 proteinů [PDF]

10 000 proteinů najednou, systémová biologie, vztah mRNA:protein 

  • 10000 proteinů najednou (Beck et al) ) [PDF]
  • 10000 proteinů najednou ale jinak (Mann et al) [PDF]
  • Proteom kvasinky [PDF]
  • Systems biology - vztah mRNA/protein [PDF]

    •  

    2-DE 

  • Losses of proteins during two-dimensional gel electrophoresis procedure [PDF]
  • Current two-dimensional electrophoresis technology for proteomics [PDF]
  • Sypro versus ruthenium [PDF]
  • Which stain and when Proteomics 2006 [PDF]
  • 2-DE with IPGs [PDF]
  • Stale ty same proteiny - deja vu in proteomics [PDF]

    •    

    Shot-gun metody

  • Shot-gun proteomika-review 2013 [PDF]
  • iTRAQ brochure [PDF]
  • Mass Spectrometry and Protein Analysis [PDF]
  • Qconcats 2005 [PDF]
  • SILAC 2006 [PDF]
  • New review - stable isotope labeling [PDF]
  • MRM a biomarkery [PDF]
  • Kvantitativní proteomika a metabolické značení [PDF]
  • Kvantitativní MS - review [PDF]
  • Tutorial - SRNM/MRM-selected reaction monitoring [PDF]

    •       

    Nativní metody a proteinové komplexy

  • Blue native ELFO [PDF]¨
  • Quick [PDF]
  • Nativní elektroforetické techniky [PDF]
  • Clear native electrophoresis [PDF]
  • Tandem affinity purification [PDF]

      

    • Proteomika membrán

  • Proteomika transmembránovych proteinů-review [PDF]
  • Povrchové značeni membrán Wollscheid [PDF]
  • Proteomika plazmatické membrány [PDF]
  • Blackler et Wu - transmembranove domeny [PDF]
  • Review-pristupy k membranovym proteinum [PDF]

     

    • Post-translační modifikace

  • Fosfoproteiny [PDF]
  • Analytické strategie pro fosfoproteiny [PDF]
  • Analyza PTM a frakcionace [PDF]
  • Fosforylace a strategie [PDF]
  • Fosfoproteomika kmenovych bunek [PDF]
  • Obohacovani glykopeptidu [PDF]
  • PTM a databaze [PDF]  

    •   

    Různé

  • Fractionation strategies in proteomics [PDF]
  • Ovarian cancer biomarkers by protein arrays 2007 PNAS [PDF]
  • Protein Purification Handbook [PDF]
  • Metody deplece majoritnich proteinu ze sera a plazmy [PDF]
  • Detergenty a fázová separace [PDF]
  • In situ syntéza proteinových arrays [PDF]
  • Afinitní chromatografie - manuál GE [PDF]
  • TOP-DOWN review 1 [PDF]
  • TOP-DOWN review 2 [PDF]
  • TOP-DOWN identifikace více než 3000 proteoforem [PDF]
  •  Metody stanovení proteinů (kdy a jak) [PDF] NOVÉ!!!

    •  

     

    Pro prohlížení PDF souborů si stáhněte Acrobat Reader od Adobe.